De Noorderkerk is gebouwd in 1878. Het tot dan enige kerkgebouw in Spakenburg stond ook aan de Kerkstraat en is nu bekend als De Ouwe Sjool. Omdat dit kerkgebouw te klein werd voor de kerkelijke gemeente, werd een nieuwe kerk gebouwd. Op een afstand van slechts enkele tientallen meters van de bestaande kerk, verrees de nieuwe kerk. Na de samensmelting van verschillende kerken in 1931, kreeg de kerk de naam Noorderkerk, ter onderscheiding van de Zuiderkerk in Bunschoten.

Oorspronkelijk was de kerk een zaalkerk. Dat wil zeggen aan de voorkant de toren en daarachter de kerkzaal. In 1924 werd de kerk aan de zuidzijde flink uitgebreid en werd de kansel verplaatst van de oostzijde van het gebouw naar de noordkant. De toren domineert het aanzien van het gebouw en is afgedekt met een spits.

Opvallend aan de toren zijn de ‘wenkbrauw’ boven de hoofdingang en de gedenksteen daarboven.